Datado do final do século XVI, foi classificado Monumento Nacional em 1977, sendo um dos edifícios religiosos mais importantes da cidade.

Entre 1985 e 1990, o IPPAR submete o Mosteiro a obras de restauro, permitindo a instalação dos monges beneditinos, da Orquestra Nacional do Porto e do Arquivo Distrital do Porto. No âmbito da Porto 2001 - Capital Europeia da Cultura, o Claustro Nobre é coberto por uma concha acústica. Em 2007, o Estado atribui ao TNSJ (Teatro Nacional de S. João) parte significativa do edifício - ala nascente, parte da ala sul e Claustro Nobre, espaço onde realiza espetáculos teatrais, concertos e eventos especiais da sua programação, acolhendo ainda iniciativas exteriores de natureza diversa. O Mosteiro (Claustro) tem uma capacidade flexível, variando em função do carácter das atividades a realizar: Plateia/Concerto: 320 pessoas; Jantar sentado: 500 pessoas; Jantar volante/outras iniciativas: 700 pessoas.